Se repone automáticamente, en el mismo momento que se agota la mina. Si ya la ves agotada, es que ya te subió el numero de licencias libres.
De todas formas, algunos jugadores han reportado la perdida de una (1) licencia en algún momento de los primeros estadios del juego, precisamente referidos a la destrucción forzada de una mina, sin que se recupere la licencia. No te puedo ser más concreto. Si eres capaz de contar sin equivocarte cuantos edificios tienes y contrastarlo con el número de licencias usadas.... Si fuese ese el caso, no debe volverte a ocurrir.